Du kannst mit dem jeweiligen GCS einfach die andere Firmware drauf flashen. Du kannst also beliebig hin- und herwechseln.
Das Autotune hat bei meinem Brain sehr gute Resultate geliefert. Bei meinem CC3D was vorher auf meinem Hammer v3 war hat das nicht wirklich geklappt. Eventuell standen da einfach nicht genug Ressourcen zur Verfügung oder die Sensoren waren zu schlecht.
Ansonsten ist das GCS von OpenPilot meines Wissens mittlerweile etwas aufgeräumter. Man hat Presets für bestimmte Copter-Größen und es gibt Bänke für die Einstellungen, was Taulabs afaik noch gar nicht kann. Ich kenne das aus dem Heli-Bereich von vStabi und fand die Bänke dort immer sehr angenehm.
Ansonsten kann Taulabs halt Position Hold, Return to Home, Waypoints und viele andere Dinge:
http://taulabs.org/features.html
Einige sagen aber, dass sie das Flugverhalten bei OpenPilot generell besser finden und das GCS ist einfach benutzerfreundlicher.