Ich plane meinen Flug mit der TowerApp und fliege das ganze mit einem Pixhack.
Angestrebt sind immer 80% Überlappung, je nach Gegebenheiten muss davon auch mal abgewischen werden (Flugzeit o.ä.)
Die EXIF-Daten der Bilder werden mit den GPS Daten durch Ardu-Pilot (STRG+F) angereichert.
Die Georeferenzierung erfolgt anhand dieser Daten. Da das Onboard GPS natürlich relativ ungenau ist, weicht das Orthophoto später von der reellen Postion (wenn man das ganze bspw. mit Google Maps vergleicht) ein wenig ab.
Wenn die genau Georefernzierung wichtig ist, werden GCP (GroundControlPoints) auf dem Boden benötigt welche ausgemessen werden müssen.
Die Georeferenzierung kann nachträglich auch über GIS-Tools wie zum Beispiel QGis durchgeführt werden. Ist natürlich auch alles nicht optimal.
Die Bilder werden anschließend in Agisoft Photoscan gepackt und dann die einzelnen Steps durchgegangen (dazu gibts eingetlich genug Tutorials im Netz).
Das mal der grobe Überblick, wenn es Fragen zu einzelnen Punkten gibt vertiefe ich das gerne auch noch weiter.