Jap. Dasselbe Problem habe ich auch. Mit den Defaultwerten habe ich einen schnellen Fix, am Copter dauert der Fix lange oder klappt garnicht. Ich hab hier auch irgendwo ein Diff der Settings zwischen Default und Arducopter gepostet, allerdings ist das etwas im Sande verlaufen, da ich bislang der einzige war.
Ich hab das Problem allerdings nicht mit einem "oberklasse" GPS sondern mit einem 20$ neo6 von Hobbyking.
Edit:
Der MissionPlanner hat hier keine Einfluss, der zeigt ja nur die Daten, die er über Mavlink bekommt, an.