Verstehe die Frage nicht ganz.
Mit der Radio Calibration gibst du eigentlich nur dem Autopiloten die Minimum, Maximum und Mitten-Werte vor.
Also den Flieger wie gewohnt mit der Funke einstellen - ganz unabhängig davon ob ein Autopilot verbaut ist oder nicht.
Erstflug im manuellen Modus. Schön den Flieger bei Halbgas austrimmen und Landen. Anschliessend die Radio Calibration durchführen.
Jetzt weiss der Autopilot welchen Bereich der Servos er für die Fluglageregelung nutzen darf. An der Funke die Trimmung einfach so lassen. Alternativ (so mache ich es immer) kann man sich auf die Mitten-werte aus dem Radio-Calibration Fenster des MissionPlanners aufschreiben (Roll, Pitch, Yaw), die Trimmung auf Null setzen und anschliessend die Werte über über die Kanalmitten der Funke wieder einstellen. So sieht man schneller wenn man mal unabsichtlich gegen die Trimmknöpfe an der Funke gekommen ist.
Beim Zweiten Flug kann man dann FlyByWire testen (FBWA). Falls der Flieger nicht perfekt geradeaus fliegt, liegt das in der Regel an einem leicht schief verbauten oder schief kalibrierten Pixhawk (oder APM).
Um dies auszugleichen gibt es AHRS_TRIM_X (roll) and AHRS_TRIM_Y (pitch).
Wie das geht steht hier:
http://plane.ardupilot.com/wiki/flying/starting-up-and-calibrating-arduplane/#level_adjustment
Warning: These parameters are in radians (every 0.01 is about 0.6 of a degree) so adjust in increments of 0.01 initially. If the plane turns to the left, AHRS_TRIM_X should be increased. If the plane loses height with mid throttle, AHRS_TRIM_Y should be increased.
Wenn das Flugzeug nach links wegdreht, AHRS_TRIM_X erhöhen, in 0.01 Schritten (Bei mir waren es etwa 0.04). Wenn die Höhe nicht gehalten wird, AHRS_TRIM_Y erhöhen.